1、体型区别：金波子鱼的体型和它的性别有关。通常来说，身体比较圆润，腹部比较大的是母鱼。而体型比较细长，腹部比较小的是公鱼。这是用来判断金波子公母最可靠的依据。
2、鱼鳍区别：一般来说，公金波子鱼的尾部比较长，背鳍比较高，尾鳍也比较长。而母金波子鱼的尾部比较短，背鳍比较矮，尾鳍也比较短。
3、腹部区别：一般来说，母的金波子鱼的腹部带有粉红色的小斑点。而公的金波子鱼腹部并没有这种斑点。
4、颜色区别：一般来说，公金波子鱼的体色比较鲜艳，而母金波子鱼的体色比较暗淡。这是一般规律，用此法判断基本是准确的，但是也有可能会有不符合此特征的个例。