1、尾鳍。通过尾鳍的大小可以分辨孔雀鱼的公母，公孔雀鱼的尾鳍特别长，像蝴蝶的翅膀，而母孔雀鱼的尾鳍要短上许多，呈小扇形。
2、背鳍。不单单是尾鳍，从背鳍的区别中也能分出孔雀鱼的公母。如尾鳍一样，公孔雀鱼的背鳍比较长，而母孔雀鱼的背鳍比较短，并且和尾鳍一样也呈扇形。
3、腹鳍。公孔雀鱼的腹鳍较窄，有些孔雀鱼的腹鳍则较长、较短，但母孔雀鱼的腹鳍较宽，如尾鳍、背鳍那般仍然呈现为扇形。
4、腹部。分辨孔雀鱼的公母还可以看它们的腹部，母鱼可见腹部内部的颜色，而公鱼的腹部被白肚皮包着，看不见里面的颜色，因此只有母鱼有胎斑。此外，公鱼身体更加艳丽，有漂亮的花纹，但母鱼体色比较单一，缺少绚丽的花纹。