正如上面小编所讲，小产权房根本的问题就是没有产权证书，原则上“小产权房”不具有房屋所有、转让、处分、收益等权利，且不能办理房屋产权过户手续。如果私下进行房产交易，也会因为无法办理正规的过户手续，而极容易产生各种各样的购房纠纷。
乡产权房屋的开发建设没有明确的规定加以约束，开发建设的监督存在缺位，对购房者的利益有一定的影响。同时，开发单位的没有资质，房屋质量和房屋售后保修难以保证。
由于小产权房没有经过备案，没有房产证的，因此银行是不给予贷款的。因此，若需要购买小产权房，则是需要一次性交清放款的。不仅仅说是买房不能贷款，即便买完房，也不可拿房子做抵押到银行进行贷款。
在建小产权房，如果相关部门整顿小产权房建设项目，可导致部分项目停建甚至被强迫拆除。购房人会面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。购房后如果遇到国家征地拆迁，由于乡产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以无法得到对产权进行的拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比微乎其微。
相信大多数的人都不敢轻易下手购买小产权房，再加上考虑到小产权房若向非集体成员的第三人出售，因其没有房产证而无法完成产权过户，小产权房屋购买人完全可以与其他人再次签订房屋买卖协议，存在一房二卖的风险，大多数的购房者都不会选择购买小产权房。