1、产权性质不同：经济适用房属于保障性质的，产权证上会标注为经济适用房；而商品房产权证则无特殊标注，就是普通住宅，产权比较完整。
2、出售费用不同：经济适用房在出售时，购买人要按经济适用房所在地标定地价的10%交纳土地出让金，没有标定地价的，土地出让金的价款暂按房屋售价的3%交纳。商品房的产权证书有完整的房屋产权，在不违反法律规定的情况下，可以自由的转让、出租或赠与，其收益全部归个人所有，购买人除税费外不需要交其他的费用。
1、土地取得方式：
商品房的土地取得方式为出让，是有偿取得，需要缴纳土地出让金。经济适用房的土地取得方式为划拨，不用缴纳土地出让金。所以从成本上来说，商品房的成本比经济适用房的成本更高。
2、购买条件：
如果城市没有限购，商品房是不限制购买人群的，也就是谁都能买，如果有限购，满足限购的条件也可以购买商品房。经济适用房是针对低收入人群的，一般需要所在城市的农村户口，并且年收入低于多少才有资格申购，不是谁都能买的，限制是很大的。
3、房价：
由于商品房缴纳了土地出让金和相关的税费，所以商品房的成本是高于经济适用房的，房价自然也就较高。经济适用房没有缴纳土地出让金，并且不以盈利为目的，所以经济适用房的价格一般很低。
4、居住舒适度：
开发商为了商品房更好卖，会把户型修得更多，满足各种家庭的需求，而且小区的环境和楼栋内部的装饰都会有一定的档次。经济适用房主要是为了节约成本，而且满足低收入家庭的需求，户型一般较小，而且选择不多，小区的档次一般也低于商品房。从居住舒适度来说，商品房的居住舒适度一般优于经济适用房。