可以办理，经济适用房办理不动产权证的流程与普通商品房办理不动产权证的流程是一样的。不动产权证可以由开发商统一办理，也可以由业主个人办理，主要是看业主与开发商对于相关事宜是否有合同约定，如果有即按约定执行，如果没有需要与开发商协议。
1、预告登记：
业主可单方持房屋买卖合同、缴款凭证、身份证明等资料向房地产交易登记机构申请办理，并领取相应城市的商品房预告登记证明书。
办理费用：房地产登记机构按件收取房屋登记费(住宅登记费：个人为50元/件，单位为80元/件;非住宅为550元/件)。(不同城市可能有所细小的差异)。
2、权属登记：
需交资料：房地产登记申请书、房地产他项权利登记申请书(已设定抵押的)、房屋面积测绘成果报告书、用地来源文件、房屋报建文件、预售许可证(属商品房项目的)(提交复印件)、楼盘单元明细表、身份证明、公安部门门牌证明、拆迁前原房屋的房地产证(合作开发或自己开发自有房地产的)、移交房屋证明(土地出让合同条款里规定要移交有关房屋及直管房拆迁的)、在建工程抵押登记证明书(已设定在建工程抵押的)、银行与开发企业确定抵押情况的报告(实测面积、门牌与抵押登记证明书记载的面积不相符的)。
办理时间：自收件窗口立案受理，领取《房地产交易登记受理回执》之日计算30个工作日。
3、领证。
1、经济适用住房管理应建立严格的准入和退出机制。经济适用住房由市、县人民政府按限定的价格，统一组织向符合购房条件的低收入家庭出售。经济适用住房供应应实行申请、审核、公示和轮候制度。市、县人民政府应当制定经济适用住房申请、审核、公示和轮候的具体办法，并向社会公布。
2、城市低收入家庭申请购买经济适用住房应时应满足下列条件：
(1)具有当地城镇户口;
(2)家庭收入符合市、县人民政府划定的低收入家庭收入标准;
(3)无房或现住房面积低于市、县人民政府规定的住房困难标准。