1、本作剧情设定在1753年至1783年间,场景主要发生在纽约和波士顿。主角是一位叫康纳的英美混血儿,父亲是英国人,母亲是美国原住民。在《刺客信条3》的开局阶段,玩家将体验康纳的父亲,到了第四章就会体验康纳的生活,当时他由莫霍克族(原住纽约州的印第安人)抚养长大。在英国殖民者进攻并烧毁了康纳的村庄后,他最终走上一条对抗暴政(和圣殿骑士)的道路。本作的故事仍然以刺客组织与圣殿骑士的斗争为主线。
2、由于故事发生在美国独立战争时期,主角将会在游戏过程中遇到众多著名历史人物,乔治·华盛顿、本杰明·富兰克林、查尔斯·李等人都会悉数登场。其中主角与华盛顿的互动将是本作中的核心关系之一,查尔斯·李将是本作的最终BOSS。