一般将其分为 3 期：
（1）初发期：仅仅是肛门口周围皮肤表层的一点损伤，其他的部分都是正常的，表现为排便时轻度疼痛、出血；
（2）慢性期：反复发作的病史，经久不愈，肛门裂口周围都可以看见多余的「皮肤赘生物」（多出来的一块组织，医学上称之前哨痔），每次排便都剧烈疼痛、出血，有时还可以看见黄色脓液；
（3）合并症形成期：一旦肛裂的地方有「皮肤赘生物」形成，裂口处引流不通畅，大便聚积，一旦感染就会形成脓包，最后导致肛瘘。同时由于肛门的反复炎症刺激，肛门裂口内侧也会出现多余的「增生物」（医学上称之肛乳头瘤），这种肛裂的瘘管、前哨痔、肛乳头瘤为肛裂的「三联征」。