肛裂与多种因素有关，但长期便秘或其他情况导致粪便干结，从而引起肛门口过度扩张、撕裂，是最主要的原因。
侧方的肛裂，可能由结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病引起。
另外严重腹泻，肛门周围有炎症、肛门受到外伤等也可引起肛裂。