扁桃体算是呼吸道的防卫机关之一，可以过滤病菌并产生抗体，保护呼吸道和食道不受病菌侵入，而在三到五岁时正是最发达的时期。如同其他的淋巴腺体一样，若有病菌入侵，就会有增生肿大的现象。所以很多的呼吸道感染都会有扁桃体和咽喉淋巴腺体的红肿发炎。若扁桃体发炎特别严重，会有化脓的现象。
入侵身体导致扁桃体炎的病原微生物相当多，百分之七十是病毒感染，像鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流行性感冒病毒、副流行性感冒病毒、肠病毒等。其余少数是细菌性感染引起的。病毒感染后易继发细菌感染，产生较重的临床表现。