1857年,他发表了《节腹泥蜂习性观察记》,这篇论文修正了当时昆虫学祖师莱昂杜福尔的错误观点,由此赢得了法兰西研究院的赞誉,被授予实验生理学奖。这期间,法布尔还将精力投入到对天然染色剂茜草或茜素的研究中去,当时法国士兵军裤上的红色,来自于茜草的粉末。
1859年,法布尔获得了此类研究的三项专利。后来,法布尔应公共教育部长维克多杜卢伊的邀请,负责一个成人夜校的组织与教学工作,但其自由的授课方式引起了某些人的不满。于是,他辞去了工作,携全家在奥朗日定居下来,并一住就是十余年。在这十余年里,法布尔完成了长达十卷的《昆虫记》中的第一卷。期间,他多次与好友一同到万度山采集植物标本。此外,他还结识了英国哲学家米尔,但米尔英年早逝,使两人先前酝酿的计划沃克吕兹植被大观因此夭折。同时,一件不幸的事降临到法布尔身上:他共六个孩子,其中唯一与父亲兴趣相投、热爱观察大自然的儿子儒勒年仅十六岁便离开了人世。此后,法布尔将发现的几种植物献给了早逝的儒勒,以表达对他的怀念。对真菌的研究一直是法布尔的爱好之一。
1878年,他曾以沃克吕兹的真菌为主题写下许多精彩的学术文章。他对块菰的研究也十分详尽,并细致入微地描述了它的香味,美食家们声称能从真正的块菰中品出他笔下所描述的所有滋味。
1879年,法布尔买下了塞利尼昂的荒石园,并一直居住到逝世。这是一块荒芜的不毛之地,但却是昆虫钟爱的土地,除了可供家人居住外,那儿还有他的书房、工作室和试验场,能让他安静地集中精力思考,全身心地投入到各种观察与实验中去,可以说这是他一直以来梦寐以求的天地。就是在这儿,法布尔一边进行观察和实验,一边整理前半生研究昆虫的观察笔记、实验记录和科学札记完成了《昆虫记》的后九卷。如今,这所故居已经成为博物馆,静静地坐落在有着浓郁普罗旺斯风情的植物园中。
法布尔半生坚持自学,先后取得了业士学位、数学学士学位、自然科学学士学位和自然科学博士学位,精通拉丁语和希腊语,喜爱古罗马作家贺拉斯和诗人维吉尔的作品。他在绘画、水彩方面也几乎是自学成才,留下的许多精致的菌类图鉴曾让诺贝尔文学奖获得者、法国诗人弗雷德里克米斯特拉尔赞不绝口。法布尔晚年时,《昆虫记》的成功为他赢得了昆虫界的荷马和昆虫界的维吉尔的美名,他的成就得到了社会的广泛承认。法布尔虽然获得了许多科学头衔,但他仍然朴实如初,为人腼腆谦逊,过着清贫的生活。他的才华受到当时文人学者的仰慕,其中包括英国生物学家达尔文、1911年诺贝尔文学奖得主比利时剧作家梅特林克、德国作家荣格尔、法国哲学家柏格森、诗人马拉美、普罗旺斯文学家鲁玛尼耶等。由于《昆虫记》中精确地记录了法布尔进行的试验,揭开了昆虫生命与生活习惯中的许多秘密,达尔文称法布尔为无法效仿的观察家。当他居住在塞利尼昂时,不少学者、文学家们纷纷前去拜访他。法布尔在自己的居所曾接待了巴斯德、英国哲学家米尔等学者,但与他们的通信并不频繁。公共教育部长维克多杜卢伊将法布尔举荐给拿破仑三世,后者授予他荣誉勋位勋章。法国政治家雷蒙普恩加莱途经塞利尼昂,特意绕道荒石园向他致意。拥有多重身份的法布尔的作品种类繁多:作为博物学家,他留下了许多动植物学术论著,其中包括《细草:专利与论文》《阿维尼翁的动物》《块菰》《橄榄树上的伞菌》《葡萄根瘤蚜》等;作为教师,他曾编写过多册化学物理课本;作为诗人,他用法国南部的普罗旺斯语写下了许多诗歌,被当地人亲切地称为牛虻诗人。此外,他还将某些普罗旺斯诗人的作品翻译成法语;闲暇之余,他还曾用自己的小口琴谱下一些小曲。然而,法布尔作品中篇幅最长、地位最重要、最为世人所知的仍是《昆虫记》这部作品不但展现了他科学观察研究方面的才能和文学才华,同时还向读者传达了他的人文精神以及对生命的无比热爱。