在合并财务报表中，跨期发生的内部应收应付款需要根据具体情况进行处理。一般情况下，内部公司之间的应收应付款会在合并财务报表中予以抵消，以避免重复计算。具体处理方法如下：
内部应收款项：如果在合并财务报表的两个会计期间内，A公司向B公司借款，但在第二个会计期间内B公司还款，则在合并财务报表中，应将A公司的应收账款减少，同时将B公司的应付账款减少，以抵消这两笔款项。
内部应付款项：如果在合并财务报表的两个会计期间内，A公司向B公司提供货物或服务，但在第二个会计期间内B公司支付，则在合并财务报表中，应将A公司的应付账款减少，同时将B公司的应收账款减少，以抵消这两笔款项。
若内部应收应付款项无法抵消：若内部应收应付款项无法完全抵消，剩余的金额需要在合并财务报表中单独列示，并在相关财务报表附注中进行说明，以确保透明度和真实性。
具体案例：A公司和B公司为同一实体的不同部门，在合并财务报表中，A公司向B公司借款100万，但在下一个会计期间内B公司只还了80万。在合并财务报表中，应将A公司的应收账款减少100万，B公司的应付账款减少80万，剩余20万应收款项单独列示并在财务报表附注中进行说明。
综上所述，合并财务报表中跨期发生的内部应收应付款需要根据具体情况进行抵消处理，确保财务报表的准确和清晰。