法律分析：
结婚证丢失后，夫妻有两种方法来协议离婚：一种是带上身份证到发证的婚姻登记处(结婚窗口)查找结婚登记档案，婚姻登记部门出具查档证明，当事人双方带着户口本、身份证、查档证明和三张大两寸合影相片到当事人一方的户口所在地的婚姻登记部门补办结婚证，也可以到存档的婚姻登记部门补发结婚证。补好结婚证后，双方便可到民政部门协议离婚，办理离婚证。另一种方法是不需要补办结婚证，直接去民政局开具婚姻状况证明，即可以办理离婚登记。
法律依据：
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释》 第五条 “未按婚姻法第8条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到法院要求离婚的，应当区别对待：1、1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施前，男女双方已符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。2、1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记;未补办结婚登记的，按非法同居关系处理。”