法律分析：在合同的变更过程中，一般情况下，原有的合同条款不会被自动取消。变更后的合同仍然需要根据原有的合同条款来执行。但是，在变更协议中，双方可以约定取消某些原有的条款，并在新的协议中重新规定对应的条款内容。
法律依据：
1.《中华人民共和国合同法》第四十四条：合同变更应当依照协商一致的原则，经过双方协商一致后签订变更合同书。合同变更合同书应当具备与原合同书相同的书面形式。
2.《中华人民共和国合同法》第四十六条：变更后的合同仍然需要遵守原有的合同原则。双方没有约定的，按照原合同的条款执行。
3.《中华人民共和国合同法》第五十二条：当事人可以通过协商一致的方式，解除或者修改合同。
综上所述，合同变更不会自动取消原合同条款。如果双方在变更协议中达成一致，可以约定取消或者修改某些原有条款。在变更后的合同中，除双方约定的新条款外，仍需遵守原有的合同条款内容。