合作医疗不包括意外险。它主要是保障参保农村因病在定点医院治疗、住院产生的各种医保范围内的费用，若是因意外导致的损伤，不属于合作医疗的报销范围。若是被保险人需要意外保障，可以在投保了合作医疗的基础上额外投保商业意外险。需注意的是，不同的意外险保障范围不一样，提供的报销、理赔标准有差异。存在第三方责任的情况下，发生人身伤害产生的医药费依法由第三责任方承担，如交通事故、医疗事故、工伤等，能不能报销看有没有第三责任方，如果有是不能报销的，不过也可以试试，住院的时候一般会要求提供保证书，证明是不是第三方原因引起的。
新型农村合作医疗是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
新型农村合作医疗制度是以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等不在该保险范围内。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第三十条
下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。