实践中，两罪的区分通常是看行为人有无平账的行为。如果使用虚假票据平账，账面与实际资金情况一致的，这样对于单位来说，其帐上的资金已被用于合理的支出，账上已没有这笔款，这样行为人支取公款的行为被完全掩盖，其可以达到侵吞公款的目的，这种情况才属于真正意义上的平账。虽然从单位账面上看似乎是平的，但实际上账面与库存资金情况根本不符，很容易发现账上的亏空，在这种情况下行为人是不能够达到侵吞公款的目的的，也就是说行为人未做到真正意义上的平账。
当然，是否平账只是判断构成贪污罪还是挪用公款罪的一般标准，而不是唯一标准。例如，行为人挪用公款后为应付查账而暂时平账，不能因其暂时平账改变挪用公款的定性，又如行为人直接侵吞公款并挥霍殆尽，即使未平账也应认定其构成贪污罪。因此，对行为人行为的定性的关键还在于看其主观上对于公共财物是具有非法占有还是非法使用的故意。那么如何判断行为人的主观故意，除了行为人自己的供述外，更重要的是通过客观外现的行为表现来分析，其中包括行为人动用公款的手段。对账目的处理、公款的用途和归还情况等。
需要注意的是，“不想还”与“不能还”反映了行为人不同的主观故意和主观恶性，“不想还”是指行为人有能力归还而不归还，反映出其主观上非法占有的故意，有较大的主观恶性;“不能还“是指行为人想归还但客观上没有能力归还，行为人主观上只有挪用公款的故意，其主观恶性相对较小，不能因为公款未还而不问缘由就推定行为人主观上要非法占有公款，这种客观归罪对于行为人有失公允，已被新刑法废止。
另外，不能仅因为被告人潜逃而简单的推定其对全部公款都具有非法占有的目的。大多数情况下，行为人潜逃是因为其实施了挪用公款的犯罪行为且畏惧承担刑事法律责任而潜逃，是一种畏罪行为，其主观上是出于畏惧的心理。行为人挪用公款已属犯罪既遂，其畏惧案发而潜逃不影响其犯罪行为的性质，也就是说对未携带的公款，其主观上不一定转化为不打算归还该公款，以及如果查明行为人有能力归还挪用的公款而拒不归还，如采取隐匿、转移挪用的公款的手段拒不归还，则说明行为人的主观犯意已由非法使用公款转化为非法占有公款，应当以贪污罪定罪处罚。