母公司按规定缴纳土地增值税时，母公司按土地成本投资子公司，可认定为独立企业间业务往来未征收或支付价格，费用可由税务机关合理调整应纳税额。若子公司不是从事房地产开发，母公司转让土地使用权可免征土地增值税；若子公司从事房地产开发，母公司应按《土地增值税暂行条例》以及相关规定：“
（一）对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款，交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。
（2）取得土地使用权后投入资金，将土地转让成熟地的，计算其增值额时，扣除取得土地使用权时支付的土地价格，允许支付的相关费用，与开发土地所需的成本加上开发成本的20％转让过程中支付的税金。等相关规定计算缴纳土地增值税。
【本文关联的相关法律依据】
《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)
第一条，对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税、对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)
第五条，对于以土地(房地产)作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)第一条暂免征收土地增值税的规定。
《国家税务总局关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》(国税函发[1995]110号)
第七条：(一)对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款，交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。(二)对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。