如果小偷入室盗窃被主人打死，应视情节确认是否定罪：
一、小偷实施非法入户这一行为时，其主观恶意就明显更深于实施普通盗窃，其一旦入户盗窃，就可能侵犯公民的住宅安宁权、隐私权抑或生命健康权。若小偷被发现后所作出的的行为会威胁到屋主的生命健康权，屋主出于自卫需要而错手打死小偷的，其目的是为制止正在受到的不法侵害，属于正当防卫，不负刑事责任。
二、若小偷被发现后的行为不可能会对屋主的生命健康权构成威胁，屋主仍打死小偷的，则是超过了必要限度造成了重大损害，属于防卫过当，可能构成过失致人死亡罪或故意杀人罪（根据屋主的当时主观想法），会处以刑罚，但一般会减轻处罚。
【法律依据】
《中华人民共和国刑法》第二十条，为了使国家、公共利益、本人或者他人的人身、财产和其他权利免受正在进行的不法侵害，而采取的制止不法侵害的行为，对不法侵害人造成损害的，属于正当防卫，不负刑事责任。
正当防卫明显超过必要限度造成重大损害的，应当负刑事责任，但是应当减轻或者免除处罚。
对正在进行行凶、杀人、抢劫、强奸、绑架以及其他严重危及人身安全的暴力犯罪，采取防卫行为，造成不法侵害人伤亡的，不属于防卫过当，不负刑事责任。