灰指甲患者甲板常呈混浊、肥厚、表面凹凸不平，或甲板萎缩、变薄、前缘破坏、甚至脱落。甲可呈白色、黄色、灰色、黑色等颜色，念珠菌所致者常伴有甲沟炎。其临床表现根据侵犯部位及程度的不同可分为四型：
远端侧位甲下型
此型最为常见，甲前缘和侧缘甲下混浊肥厚，表现凹凸不平。由于炎症刺激，使加下角质增生，甲板与甲床分离，甲板游离缘翘起，甲板脆弱易折断。甲前缘呈虫蚀状缺损，随着病情发展，甲板可全部损毁。此型多由皮肤癣菌引起。
白色浅表型
本型常见于趾甲。在甲板浅层形成雾状白色混浊，又称真菌性白甲，日久颜色变黄，甲板脆弱易破损。此型多见为须癣毛癣菌感染，其次为小孢子菌等引起。
近端甲下型
本型较少见病变始于甲表皮护膜，并沿近端甲根部下面和甲上皮发展，甲板粗糙凹凸不平，常伴有甲沟炎。此型病原菌主要为红色毛癣菌，其次为紫色毛癣菌，絮状表皮癣菌等，念珠菌感染亦可见到。
全甲营养不良型
以上各型均可发展成此型，可见整个甲板破坏，甲板脱落，甲床表面残留粗糙角化物。