新形式下，行政事业单位建立内部控制，是顺应现代管理发展的需要，加强财务管理的重要措施，也是贯彻落实中央关于党风廉政建设和反腐败工作新部署、新要求、扎紧制度笼子的需要，在实施内部控制过程中发现，单位内部控制工作还存在诸多问题。
一、内部控制建设存在的问题
1.内部控制观念淡薄，对内控制度缺乏正确的认识
对内部控制制度重要性的认识还不到位，内控意识不强，重发展、轻控制，对内部控制知识缺乏基本了解，把内部控制仅看成是财务部门的事。对建立内部控制缺乏积极性、主动性。
2.内部控制制度不完善，缺乏系统的内控制度体系
内控制度涉及的范围缺乏全面性，未能包含所有人员和业务环节，仅局限于财务管理制定、会计核算管理制定，对内部控制的设计、运行和监督等问题缺乏全面性和深层次的思考，内控发挥不出应有效果。
3.缺乏必要的内部监督机制
对内部控制的监控力度不够，监督考核机制不到位，内审机构大多与会计部门平行，依附于执行机构，权威性和独立性不够，对内部审计工作没有给予足够的重视和支持。内部审计仅限于对财务控制的监督，缺乏对内部控制的设计和运行的有效性分析，以及做出客观公正的评价。
4.外部监督对单位内部控制健全性和有效性的监督检查不够
目前作为行政事业单位主要外部监督力量的财政、审计部门，大多偏重于对单位财政资金的运用是否合法、合规进行监督，较少对被审计单位是否建立有效的内部控制制度以及有效执行加以实质性检查。缺少有效的外部监督，使行政事业单位内部控制制度体系完善失去外部推动力和约束机制。
二、内部控制的整改措施
1.增强内控意识，强化单位负责人的会计与内控责任
单位负责人在单位内部控制体系中居于主导地位。按照《会计法》和《内部会计控制基本规范》的规定，单位负责人是单位财务与会计工作的第一责任主体，对本单位财务会计报告的真实性、完整性以及内部控制制度的合理性、有效性负主要责任。但要真正确立起单位负责人对财务会计工作和内部控制制度建设的“第一责任主体”意识，还必须强化对行政事业单位主要负责人及一些相关领导在内部控制方面的培训学习。
2.建立健全内控制度
根据《会计法》、《内部控制规范》及相关部门对健全和完善内部控制的要求，结合自身的业务特点和管理需要建立合适的内部控制制度。找准失控环节，明确自控重点，重视伦理道德规范建设，建立良好的单位文化氛围。对于预算管理、资金拨付与费用支出管理、报销审批程序以及对错误核算与错误支出的纠正等经济活动方面，确定单位自控的重点和目标，设立合理的组织结构，确认相关的管理职能和关系，为每个组织划分责任权限，明确建立授权和分配责任的方法，因事设人，视能授权，责任到位，且责权对等，以增加组织的控制意识。
3.加强单位内部审计监督
重视内部审计控制，真正落实责任制，以保证内部会计控制制度的顺利、有效运行。内部审计控制是对内部会计控制的再控制。内审部门应将会计控制制度作为审计评审对象，通过对内部会计控制执行情况的定期检查和监督，及时发现内部会计控制中的漏洞和隐患，尤其是要针对发展中财务及会计核算上出现的新问题、新情况，认真研究，不断发现和改正问题，可以把风险消灭在萌芽状态，防止经济违规，这是对单位内控制度执行情况的再监督，也是保护员工的主要措施。
4. 提高人员素质
单位内部控制的成败关键在于工作人员素质的高低程度，其素质控制的目的在于保证工作人员具有爱岗敬业的品质和勤奋、有效的工作能力，从而保证内部控制有效实施。它对财会人员的素质有更高要求，不仅要求专业技术性、政策性、法制性强，并且还需要有一定的职业道德水准。
5. 建立财务状况预警机制，加强财务风险预测
建立风险监控、评价和预警系统。通过一系列指标的横向和纵向数据比较，对财务运作中潜在风险预警预报，提出控制措施，将可能萌发的财务风险予以化解。
内部控制是一项不断推陈出新、任重而道远的工作，随着时代的不断变化，内部控制制度也要跟着不断的修改，以达到其有效性，切实控制各种漏洞的发生。