法律分析：港澳通行证商务签注办理流程为：1.登录电子政务平台，进行企业备案注册登记，并在网上输入当年度需备案的人员名单；网上登记预审通过后，凭打印取得的预约信息表和派遣函在指定日期，携带相关材料到市公安局出入境管理局办理登记备案。2.经备案后的人员可登录电子政务平台预约办理与备案资格相符的港澳商务签注，网上预约通过后，凭取得的预约信息表在预约有效期之前，携带相关材料，来市公安局出入境管理局办理港澳商务签注。
法律依据：《往来港澳通行证签注签发规范（试行）》 第一条 设区的市级以上公安机关出入境管理部门或者经公安部出入境管理局授权的县级公安机关出入境管理部门负责审批签发往来港澳通行证和签注。