遗传所发生的先天性畸形，是精子或卵子染色体不正常造成的。还有一类先天性与遗传没有关系，是胚胎在发育过程中出现故障。遗传引起的畸形，除了避免近亲婚配外，多很难预防。预防非遗传性畸形大致需注意以下几点。
营养合理。
孕妇患严重营养不良，不仅胎儿生长发育缓慢，还可引起脑发育不良。保证合理营养，是胎儿正常发育的必要条件。
避免与放射线接触。
放射线(X线透视、摄片等)不仅可以危害发育着的胚胎(可造成小头畸形)，也可损害精子和卵子中的染色体。对3个月以内的胎儿，应尽量不使受到X线的照射。
另外，铀、镭、125碘、同位素等都有致畸作用，且与接触的剂量和时间有关。
预防感染。
不是说一切感染性疾病都有致畸作用，最常见的是某些病毒感染，如风疹病毒、巨细胞病毒、疱疹病毒、流感病毒等可导致胎儿发育障碍，大多数是中枢神经系统的畸形。
风疹可引起胎儿先天性白内障、先天性心脏病和耳聋(妊娠第一个月有50％，第二个月22％，第三个月6％~8％)，若发现附近的儿童流行风疹，就不要接近他们。有时孕妇染上风疹而不出皮疹，就很难诊断。一旦诊断孕妇患了风疹，为了避免胎儿畸形，就应在3个月以内作人工流产。
避免服用某些化学药物。
很多药物及其他化学物质可通过胎盘导致胎儿先天性畸形，迄今为止，有20余种药物可能影响胎儿的发育。
临床上证实，对胎儿有致畸作用的药物有：反应停、丙咪嗪、氨甲喋呤、环磷酰胺、马利兰、瘤可宁、己烯雌酚、碘131、硫氧嘧啶、他巴唑、双香豆素、华法令、肾上腺皮质激素、苯妥英钠、奎宁、乙氨嘧啶、水杨酸盐、甲磺丁脲、氯磺丙脲、三甲双酮、磺胺类、氯霉素、灭滴灵、苯丙胺、烷化剂、长春新碱、麻醉剂、抗组织胺药、麦角酰二乙胺、合成孕激素。
以上药物，在孕期最初2周，常造成死胎。孕期第3周~8周，可引起生大形态畸形。即使过3、4个月，孕妇若使用四环素，也可使婴儿出现黄齿。妊娠中注射链霉素或卡那霉素，出生的婴儿就有变成聋子的危险。
孕妇有病，在医生的指导下选择用药，并注意用药剂量和持续时间，一般是安全的。